Dall’autunno 1996 il formaggio Appenzeller® è ottenuto anche da latte biologico. Appenzeller®«BIO» è prodotto secondo un’antica ricetta e conservato con cura fino a stagionatura nei semicantoni Appenzell interno ed esterno nonché in alcune zone dei cantoni San Gallo e Turgovia. Il delicato formaggio da taglio è riconoscibile dalla stampigliatura (BIO) presente sulla crosta di colore da giallo a rossiccio e dall’occhiatura regolare di media grandezza.